A composición e bo estado do patrimonio natural de Ames é de alto interese ambiental.
Prados, ríos e arboredas, tal e como escribiu Rosalía de Castro, xunto con outras formacións naturais como as fragas, os vales, e as brañas, conforman hábitats que albergan unha inmensa variedade de vida.
A parte oeste do concello corresponde co suave Val da Maía, val aluvial formado polo río Sar, que deixa unha veiga rica en sedimentos que a fai especialmente importante para o cultivo de froita e horta. O concello de Ames foi considerado durante moito tempo como a horta de Santiago de Compostela.
Os lugares das Punxeiras Baixas e Sisalde, zonas nas que se teñen producido inundacións provocadas polas enchentas do río Sar, son considerados como lugares de interese comunitario e pertencen á Rede Natura 2000. Ademais, serven de zona de cría ou descanso para numerosas aves.
Destaca na contorna do río Sar, e nos seus afluentes como o rego do Ameneiral e o rego dos Pasos, a presenza da garza real, pato azulón, andoriña común, e a presencia de pequenas zonas de recuperación da especie de narcissus cyclamineus, recollida no catálogo galego de especies ameazadas como unha especie vulnerable.
Preto deste espazo protexido existe unha importante reserva de biodiversidade nas brañas da Devesa, que están situadas no lugar das Cortes. Son unha das poucas brañas galegas que persisten sen desecar. O Concello de Ames ten un proxecto de posta en valor das brañas en xeral e destas en particular.
En contraposición á suavidade do terreo na zona oeste, o nordés de Ames posúe as máximas altitudes destacando o monte do Liñaredo, o monte Maior e o alto de San Marcos, desde a cima deste último monte pódese divisar unha extraordinaria panorámica dos montes e vales de Ames. Nestas zonas máis altas e frías viven xinetas, lobos, raposos e xabaríns, xunto con numerosas especies de bolboretas, libeliñas e cabaliños do demo.
Un encanto especial e gran interese ambiental ten o rego de Riamonte, que baixa dende o lugar de Cortegada ata O Vilar, percorrendo a ladeira do monte de San Marcos. A pendente existente fai que o transcorrer da auga polo rego forme fermosas fervenzas e unha ribeira plena de vexetación. Neste espazo está sinalizada unha ruta ambiental que pode percorrerse de xeito circular.
Deixando as alturas da Ameixenda e indo cara o norte, atópase o río Tambre, que rega as fértiles terras de soutos da parroquia de Piñeiro, e que, caudaloso e osixenado, aporta un marabilloso lugar de lecer e ocio na natureza da praia fluvial de Tapia.
Río abaixo e achegándonos as súas beiras, o río Tambre conforma fragas de extraordinaria beleza e alto valor ambiental. Pódese apreciar unha moi boa estratificación de árbores con carballos, como árbores dominantes, baixo os que medran pradairos e loureiros, e xa máis preto do río, atopamos ameneiros, abeleiras e freixos. Tamén podemos desfrutar de ata dez especies diferentes de fentos, baixo os que buscan refuxio as londras e os furóns. Donicelas, merlos de río, píntegas ou vacalouras son algúns dos animais que poderemos atopar nas ribeiras do río Tambre.
A zona sur do concello, onde se sitúa o núcleo rural do Milladoiro, e afastándonos un pouco da zona máis urbana, destaca a presenza da carballeira de Ventín, que forma un bosque con reposición natural de carballos e unha interesante mostra de solo vexetal.
Pechamos esta breve descrición do valor natural do concello facendo referencia aos morcegos e a súa importancia ecolóxica, así como á responsabilidade dos concello con amplo espazo rural na súa conservación.
